Les formations doctorales de l'université Joseph Fourier sont regroupées au sein de dix écoles doctorales sur le site grenoblois. Ces écoles doctorales ont pour rôle de :
répartir les allocations de recherche du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche ;
assurer des cours post-DEA, des écoles internationales d'été ;
sensibiliser les doctorants au monde de l'entreprise ;
conduire une politique internationale avec par exemple l'organisation de thèses en co-tutelle ;
assurer le suivi de l'insertion professionnelle de leurs diplômés ;
organiser chaque année une ou deux conférences "grand public" ;
s'assurer des liens de collaboration avec les laboratoires industriels et les laboratoires des établissements de recherche.