Depuis la rentrée 2009-2010, tous les doctorants s'inscrivent auprès du collège doctoral de l'Université de Grenoble pour préparer un doctorat de l'Université de Grenoble.

Les 13 écoles doctorales que compte le Collège doctoral ont pour rôle :

• d'être l'interlocuteur privilégié du doctorant (conseils et soutien pour tout problème particulier) dès la sélection de la candidateur à la soutenance ;
• de répartir les allocations de recherche du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche ;
• d'assurer des cours scientifiques permettant l'attribution de crédits de formation et organiser des écoles internationales d'été ;
• de sensibiliser les doctorants au monde de l'entreprise ;
• de conduire une politique internationale (thèses en co-tutelle) ;
• d'assurer le suivi de l'insertion professionnelle de leurs diplômés ;
• d'organiser chaque année une ou deux conférences « grand public » ;
• de s'assurer des liens de collaboration avec les laboratoires industriels et les laboratoires des établissements de recherche.

L'université Joseph Fourier pilote 5 écoles doctorales parmi les 13 que compte le Collège doctoral :

•   Chimie et science du vivant (CSV)
•   Ingénierie pour la santé, la cognition, l'environnement (ISCE)
• Mathématiques, sciences et technologie de l'information, informatique (MSTII)
• Physique
• Terre, Univers, environnement (TUE)