Le président de l'université est élu à la majorité absolue des membres élus du conseil d'administration parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés, sans condition de nationalité. Son mandat, d'une durée de quatre ans, expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels du conseil d'administration. Il est renouvelable une fois.
Il est chargé de diriger l'université, dont il est ordonnateur des recettes et des dépenses.
Il a autorité sur tout le personnel.
Il est responsable du maintien de l'ordre.
Il est assisté par les vice-présidents des trois conseils élus et par un bureau.
Le Bureau assiste le président de l'université dans l'accomplissement de ses tâches. Il est composé :
des vice-présidents des trois conseils de l'université ;
des autres vice-présidents.
Le directeur général des services et l'agent comptable participent aux réunions du Bureau. À la requête du président, le Bureau peut inviter également toute personne dont il jugera la présence utile pour l’examen d’une question déterminée. Le chef de cabinet anime et prépare les réunions du Bureau.